Fue en el año 1949, cuando surgió la idea de formar en todo el país la Segunda División, que sería también de Ascenso. Querétaro fue de los elegidos, Alfonso Pachín Niembro, presidente de la Asociación Queretana de Futbol recibió la invitación por parte de la Federación Mexicana de Futbol.
Niembro habló con Raúl Ayala, representante de Querétaro ante la Federación, y juntos decidieron afrontar la proeza aunque no contaban con los recursos monetarios, pero la oportunidad no era para desaprovecharse y decidieron que el campeón representara a Querétaro en la Segunda División.
El campeón fue el Pirata, que se convirtió en el Club Querétaro A.C., para ser de los fundadores de la Segunda División junto con el Irapuato, Zacatepec, Toluca, Morelia y La Piedad. La fundación oficial del Querétaro se dio el 8 de julio de 1950.
El equipo recibiría el mote de los Gallos Blancos a propuesta del Licenciado Herrera Pozas, conocido como el 'Periquín'. Dicha oncena se metió de lleno en el corazón de los aficionados y se le llegó a llamar el 'Ya merito', porque en repetidas ocasiones tuvo la oportunidad de lograr el anhelado ascenso, pero no daba ese último paso.
El cuadro de Atletas Campesinos de la Segunda División, como fueron conocidos en su primera temporada, estuvo formado por jóvenes, que se estaban forjando un futuro en el futbol e hicieron una buena campaña.
El ascenso llegó el día 22 de junio de 1980, les tocaría a los Campesinos enfrentarse en el partido de vuelta a los Osos Grises, que habían sacado un empate, por consecuencia eran los favoritos para obtener el título, pero los Campesinos lograron imponerse por 2-1, con goles de Carlos Cerritos y Jorge Gaspar. Carbajal salió en hombros, Antonio Ascencio y sus pupilos lloraban de felicidad pues eran los Campeones.
El equipo de Atletas Campesinos, fue un equipo que se arraigó fuertemente en el corazón de los queretanos, pues logró lo que ningún otro: dar a Querétaro un conjunto de Primera División. Ya en el Máximo Circuito y con la idea de que con los mejores hombres de la División de Ascenso se lograría hacer una buena campaña, para su mala fortuna la realidad siseó mucho de ser así, por lo cual el cuadro fue vendido al Sindicato de Petroleros de Ciudad Madero.
Fue así como en la Temporada 82-83, Querétaro se quedaría sin futbol de Primera División, pues rápidamente los Campesinos se convertirían en el Tampico Madero.
Las Cobras se aparecieron ahí después de conseguir el ascenso de Segunda División, en 1986 bajo el mando de Jorge 'Coco' Gómez, pero sólo duraron un año en el Máximo Circuito, ya que al final del curso 86-87 regresaron a la División de Ascenso.
El Querétaro, equipo que vistió de azul y negro, volvió de la mano de José Antonio García, quien compró la franquicia del Tampico Madero y la puso en el Corregidora para la Temporada 1990-91. Este equipo, que ha sido el que más temporadas ha durado en la Primera División, fue vendido en diciembre de 1991 a los hermanos Vázquez Mellado, con quienes el club descendió en la Temporada 93-94.
El TM Gallos Blancos llegó a Querétaro, cuando ese club inició la campaña 1994-95 en Tampico, pero por problemas de arrendamiento de su dueño, Antonio Peláez Pier, con el Estadio Tamaulipas, cambiaron de sede. El adoptado cuadro queretano acabó descendiendo cinco fechas antes de que terminara la campaña 94-95, luego de tener en la dirección técnica a José Camacho y Juan de Dios Castillo.
En 2002 llegaron a la ciudad de Querétaro unos nuevos Gallos Blancos, luego de adquirir la franquicia de los Reboceros de La Piedad. El equipo jugó en el Estadio Corregidora por dos años. Después, en 2004, la Federación Mexicana de Fútbol tomó la decisión de reducir el número de equipos en la Primera División, desprendiéndose de los emplumados y del Irapuato.
De nuevo llegaría otro intento, pues Querétaro compró una franquicia de Primera División A, la del Zacatepec. En 2005, los Gallos Blancos ganaron el torneo de Clausura de la entonces Primera A y jugaron la Final del Ascenso contra San Luis. Querétaro cayó por marcador global de 3-2 y se quedó a la orilla del Máximo Circuito del fútbol nacional.
Al año siguiente, Querétaro tuvo su revancha, pues de nuevo se proclamó Campeón del Clausura de la Primera A y volvió a jugarse el ascenso, pero en esa ocasión el resultado fue muy diferente, pues goleó al Puebla con marcador global de 5-1, lo cual le mereció su retorno a la Primera División.
Pero el gusto le duró muy poco, ya que al concluir el Clausura 2007 Gallos perdió la categoría tras caer en el último partido de la Liga contra Atlas, aunado a la victoria de Santos Laguna sobre Cruz Azul, su más próximo rival en el descenso.
En su primer torneo en la División de Ascenso, el cuadro queretano no calificó a la fase final, teniendo una actuación regular. En el Clausura 2008, de nueva cuenta el equipo se quedó fuera de la Liguilla al sumar tan sólo 18 unidades.
Todo cambió en el Apertura 2008, al obtener la mayor cantidad de puntos que ha conseguido desde su vuelta al Circuito de Ascenso: 33 unidades. Se colocaron como tercer lugar general y primero de su grupo. Ya en la fase final, dejaron fuera a Correcaminos en los Cuartos de Final y a los Xoloitzcuintles de Tijuana en las Semifinales, para coronarse campeones al vencer al Irapuato por 2-0, lo que les dio medio boleto a Primera.
Para el Clausura 2009, Mérida fue Campeón, por lo que tuvo que medirse ante Gallos en la Final por el Ascenso. En un par de encuentros, Querétaro logró el Ascenso en penales.
En la Ida, los Gallos venció a los yucatecos por 2-1. En Mérida, los Venados empataron el global. Los tiempos extras se fueron sin anotaciones y, en los cobros desde los once pasos, los Gallos lograron la hazaña de volver al Máximo Circuito.
En la Jornada Cuatro del Torneo Bicentenario 2010, ya en la Primera División, los Gallos Blancos celebraron los 25 años del Estadio Corregidora; inmueble que ha visto partidos mundialista y también ha sentido la lucha permanente de su equipo por convertirse en protagonista del Futbol Mexicano. Dirigidos por Carlos Reinoso en el Torneo Bicentenario, lograron la permanencia y se quedaron a un paso de calificar a la Liguilla.
Para el Apertura 2010, Ángel Comizzo que era auxiliar de Reinoso se hizo cargo del equipo. Pero los resultados de nueva cuenta no saltaron a la vista. Fue hasta el Torneo de Apertura 2011 que los gallos se meterían a su primera Liguilla de la mano de José Saturnino Cardozo, ahora en su faceta de estratega. En los Cuartos de Final los Gallos eliminaron a las Chivas Rayadas del Guadalajara con dos goles de Carlos Bueno, los rojiblancos descontarían con tanto de Jorge El Chatón Enríquez. Pero en la Vuelta la gran actuación de Liborio Sánchez dejaría fuera al Rebaño Sagrado En las Semifinales se les cruzarían los Tigres de la UANL que a la postre fueron los campeones de la competencia.
En el pasado Clausura 2013, Gallos peleó hasta el final de la campaña con San Luis, Atlas, Atlante y Puebla por mantenerse en Primera División, pero ni la buena campaña que realizó bajo el mando del entrenador Ignacio Ambríz, que de hecho calificó al equipo a la Liguilla, pero el reglamento le impidió disputarla, fue suficiente para evitar el descenso.
Sin embargo, un par de semanas después de que la escuadra emplumada descendiera se anunció que la empresa Oceanografía del Grupo Delfines, propiedad de Amado Omar Yáñez, dueño del Querétaro, adquiría la franquicia de Jaguares de Chiapas, por lo cual la Liga MX autorizó el cambio de sede del cuadro chiapaneco a la entidad queretana.
Datos:
Nombre oficial: Gallos Blancos del Querétaro F.C.
Fecha de fundación: 8 de julio 1950
Director técnico: Ignacio Ambríz
Estadio: La Corregidora
Mote: Gallos Blancos
Palmarés:
Campeón Primera A: Clausura 2005, Clausura 2006 y Apertura 2008
El plantel para el Apertura 2013:
Porteros: 1 Liborio Sánchez, 23 Edgar Hernández, 22 Manuel García.
Defensas: 2 George Corral, 27 Christian Pérez, 4 Dionicio Escalante, 18 Ricardo Esqueda, 3 Oswaldo Hernríquez, 5 Yasser Corona, 17 Mario Osuna.
Medios: 20 Luis de Souza, 11 Arturo Echavarría, 29 Julio Nava, 25 Leandro Gracián, 8 Diego de la Torre, 12 Pablo Gabas, 21 Marco Jiménez, 18 Luis Pérez, 6 Gerardo Espinoza.
Delanteros: 10 Esteban Paredes, 24 Wilberto Cosme, 19 Amaury Escoto, 14 Luis Loroña, 30 Isaac Romo.
Sus números en el Apertura 2013:
Posición en la tabla: 12
Puntos: 6
Goles a favor: 8
Goles en contra: 9
Marca: 1 victoria, 3 empates y 2 derrotas
Último partido: empate a cero ante Veracruz