El equipo representativo de la Universidad Nacional Autónoma de México fue aceptado en el profesionalismo en 1954. El equipo fue admitido en la Segunda División Profesional. El Ingeniero Guillermo Aguilar Álvarez, padre, fue el primer Presidente de la institución y el costarricense Rodolfo Muñoz "Butch" ocupó el cargo de primer entrenador del conjunto. El de la UNAM fue el primer equipo universitario del Futbol Profesional Mexicano.
Al golear al Cataluña de Torreón por 5-1, Universidad aseguró el ascenso a la Primera División en 1952, convirtiéndose en el cuarto equipo capitalino en el máximo circuito. Su debut en esta categoría se produjo en un duelo contra el América. Después, el italo-argentino Renato Cesarini, sentó las bases para la permanencia del equipo así como la estructuración de las Fuerzas Básicas. En 1964, El argentino Alberto Etcheverry se consagró como el primer Campeón goleador de los Pumas en la Primera División.
En 1975 se constituyó la Asociación Civil Club Universidad Nacional, encargada de administrar al equipo profesional de futbol. En 1977, los Pumas conquistaron su primer Campeonato de Liga al vencer en la Final a la Universidad de Guadalajara por 1-0 en el Estadio Azteca, con anotación de Evanivaldo Castro "Cabinho".
En 1981, los Pumas consiguieron su segundo campeonato de Liga al golear en el encuentro decisivo al Cruz Azul por 4-1, en Ciudad Universitaria. En ese mismo año, los felinos ganaron sus primeros títulos internacionales: la Copa de Campeones de la CONCACAF, así como la Copa Interamericana frente al conjunto uruguayo Nacional de Montevideo, ganador de la Copa Libertadores de América. Después de derrotar al Robin Hood de Surinam por 3-2, el conjunto de la UNAM se adjudicó su segundo título de clubes de la CONCACAF en el 82. En 1990, tras vencer al conjunto cubano de Pinar del Río, los Pumas consiguieron su tercer trofeo de la CONCACAF.
Para 1991, los Pumas llegaron a su tercer Final ante el América, después de perder 3-2 en el Estadio Azteca, se impusieron por 1-0 en el Estadio Olímpico Universitario con un gol anotado por Ricardo "Tuca" Ferretti. Por haber marcado más goles en condición de visitantes, los universitarios se adjudicaron el título.
En el 2001, alcanzaron una histórica clasificación por primera vez a la Copa Toyota Libertadores de América. En el 2003, después de conseguir triunfos sobre los cuadros sudamericanos de Bolívar, Gremio y Peñarol, los auriazules avanzaron a la segunda fase de la Copa Libertadores antes de caer en los Octavos de Final ante el Cobreloa chileno.
Los Pumas derrotaron en la Final del Torneo de Clausura 2004 al Guadalajara. Después de un empate a un gol en el Jalisco, se produjo un empate a cero en el Estadio Olímpico Universitario, por lo que se requirieron tiros penales, en los que los felinos se impusieron por 5-4 para coronarse campeones de liga. Los Pumas se convirtieron en el primer equipo en conseguir un bicampeonato en la historia de los torneos cortos, al imponerse en la Final del Torneo de Apertura 2004 al Monterrey, por un marcador global de 3-1.
En 2005, el equipo alcanzó el Subcampeonato en la Copa de Campeones de la CONCACAF y en la Copa Nissan Sudamericana. En ésta última competencia, los auriazules forzaron una definición mediante los tiros penales después de haber empatado con Boca Juniors a un tanto, tanto en Ciudad Universitaria como en la Bombonera.
Con Ricardo Ferretti como Director Técnico, los Pumas alcanzaron el subliderato del Torneo de Apertura 2006. El timonel brasileño salvó a los universitarios del descenso en el Clausura 2007 y hasta el momento sigue como entrenador de los Pumas de la UNAM.
Nombre oficial: Club Universidad Nacional A. C.
Fecha de Fundación: 12 de Septiembre de 1954
Presidente: Víctor Manuel Mahbub Matta
Director Técnico: Ricardo Ferretti
Títulos de Liga: 5 (76-77, 80-81, 90-91, Clausura 04 y Apertura 04).
Títulos de Copa: 1 (74-75)
Campeón de campeones: 2 (74-75 y 04)
Títulos Internacionales: Copa de Campeones de la CONCACAF 3 (1980, 1982, 1989)
Copa Interamericana: 1 (1981)
Subcampeón de la Copa Sudamericana: 1 (2005)
Plantel para el Clausura 2009.
Porteros: Sergio Bernal, Odín Patiño, Alejandro Palacios.
Defensas: Marco Antonio Palacios, Israel Castro, Efraín Velarde, Darío Verón, Jehu Chiapas, Carlos Humberto González, Luis Fernando Fuentes, Leonardo García, Orlando Pineda, Erick Vera, Alfonso Luna, Eduardo Manuel Gámez.
Medios: Efraín Juárez, Leandro Augusto, David Toledo, Alex Diego, Diego Eduardo de Buen, Alejandro Larenas, Fernando Espinoza, Óscar Ricardo Rojas, Luis Ricardo Rosas, David Cabrera.
Delanteros: Ismael Iñiguez, Dante López , Martín Bravo, Pablo Barrera, Francisco Palencia, Fernando Morales, Juan Carlos Cacho, Pablo Bonells, David Isasola, Eduardo Herrera, Arturo Rodríguez, Javier Cortés, Eduardo Barrón.
