Fundado en Noviembre de 1924 con el nombre de "Oro" y después el de "Oro Morelia". Jugaban en el campo Morelia de la capital de Michoacán. En 1951 entra por primera vez en una competición profesional al fundarse la Segunda División Nacional de Fútbol Mexicano.
En la Temporada 1956-67 obtuvieron el subcampeonato de la Segunda División con la renuncia del Puebla Fútbol Club en la Primera División, asciende por primera vez al máximo circuito. En la temporada 1967-68 descienden de nuevo a la Segunda División.
En 1973, con la adquisición del equipo por parte de Nicandro Ortiz, se reestructuró el club y se le cambió el Nombre a Atlético Morelia S.A. de C.V. En la temporada 1980-81, bajo la dirección de Diego Malta, ascendieron al Máximo Circuito del Fútbol Mexicano. El 9 de abril de 1989, tras casi 8 años de jugar en Primera División, fue fundando el Estadio José María Morelos y Pavón. En un partido entre el Atlético Morelia y el Club América.
En el año de 1996, la empresa de televisión, TV Azteca adquirió el equipo. En 1999, el equipo es rebautizado como "Monarcas Morelia". En la campaña del Invierno 2000 del torneo mexicano, el Morelia contrata como técnico a Luís Fernando Tena, con el cuál conseguirían el único título de Primera División que tienen hasta ahora. El Campeonato lo ganaron llegando a la final contra el Toluca; antes habían eliminado al Pachuca y al Santos Laguna.
En la edición 2002 de la Copa Libertadores, bajo el mando del técnico Rubén Omar Romano, llegan hasta la fase de Cuartos de Final; donde son eliminados por el América. Su actuación en la primera fase y los Octavos de Final, le hacen merecedor del título de "Mejor Equipo del Mundo del mes de Abril de 2002" que le otorgó la FIFA .
En el torneo Apertura 2002, llega a la final del Fútbol Mexicano de nuevo contra el Toluca; pero ésta vez la pierde con un marcador global de 4-2. En el torneo de Clausura 2003 llega por segunda vez consecutiva a la final; ésta vez contra el Monterrey, pero pierde con un marcador global de 3-1.
En el torneo Clausura 2005 consiguió el liderato en la fase regular, pero no pudo conseguir el campeonato, ya que fue eliminado en las semifinales por los Tecos de la UAG con marcador global de 1-2. En el Clausura 2006 calificó a la liguilla por el título, fue eliminado por el Pachuca.
Para el Clausura 2008 los servicios de David Patiño no fueron requeridos a partir de la fecha 11 cuando llegó al timón Monarcas Luis Fernando el 'Flaco' Tena, quien dejo al equipo en la Jornada Seis del Clausura 2009, para que llegara Tomás Boy, al conjunto michoacano.
En el torneo Bicentenario 2010, Monarcas se hizo de los servicios de jugadores muy importantes a la ofensiva como Gabriel Pereyra proveniente del Atlante, Jared Borgetti, quien tuvo una buena campaña con el Puebla, y la directiva michoacana apostó por la continuidad del técnico Tomás Boy, pues también estarán participando en la Copa Libertadores.
En el año, 2010, tuvieron la oportunidad de volver a la Copa Libertadores. Se quedaron en la Fase de Grupos al enfrentar a Banfield de Argentina, Deportivo Cuenca de Ecuador y Nacional de Uruguay.
En el Apertura 2010, Boy continúa y tiene una mezcla entre juventud y experiencia, Elías Hernández o Jorge Gastelum son ejemplo de lo jóvenes; adelante, Droguett y Rey, atrás Vilar y Romero, son pilares del conjunto.
La directiva de Monarcas Morelia apostó por la continuidad del técnico Tomas Boy. También dejaron salir uno de los jugadores más importantes a la ofensiva, el chileno Hugo Droguett. Llegaron para este torneo el ecuatoriano Joel Rojas, el defensa Joel Huiqui, y el mediocampista Manuel ‘Tripa’ Pérez.
El subcampeón del Clausura 2011, se reforzó para el Apertura 2011 con jugadores como Diego Jiménez, Gerardo Lugo, Damián Manso, Yasser Corona y Felipe Ayala, mientras que perdió a dos de sus hombres más importantes a la ofensiva como Luis Gabriel Rey y Elías Hernández. La directiva michoacana apostó por darle continuidad a la dirección técnica de Tomás Boy, para tratar de lograr el ansiado título.
Luego de llegar nuevamente a la fase de Semifinales en el Apertura 2011, la directiva michoacana decidió reforzar al equipo con Víctor Guajardo, Christian Valdez, Diego Mejía, aunque dejaron salir a Yasser Corona y Luis Miguel Noriega. Tomás Boy seguirá dirigiendo los destinos de los Monarcas para el Clausura 2012.
En el Apertura 2012, Tomás Boy deja la dirección técnica del equipo michoacano la directiva nombró como timonel al argentino Rubén Omar Romano, quien regresa a la institución, buscando repetir las buenas temporadas que tuvo una década atrás.
Para encarar este torneo, Monarcas se reforzó con jugadores como Francisco Torres, Christian Valdéz, Michael Pedroza, Jefferson Montero, Carlos Ochoa, Hibert Ruiz, Carlos Adrián Morales y José Antonio Olvera, aunque también dejó salir jugadores importantes como Rafael Márquez Lugo, Adrián Aldrete, Luis Alonso Sandoval, Jaime Lozano, Gerardo Lugo y Jorge Kalú Gastelum.
En el Clausura 2013 Morelia dejó salir jugadores importantes en su esquema, como Miguel Sabah, Mauricio Romero y Fernando Salazar. Se reforzaron con José María Cárdenas, Héctor Mancilla, Christian Valdez, Sergio Santana, Antonio Pedroza y Fernando Morales, con lo que el técnico Rubén Omar Romano buscará el téitulo del Futbol Mexicano.
Datos
Nombre Oficial: Monarcas del Atlético Morelia S. A. de C. V.
Fecha de Fundación: (1º etapa) Noviembre de 1924 y (2º etapa) 4 de Septiembre de 1974.
Presidente: Álvaro Dávila Alanís
Director Técnico: Rubén Omar Romano
Estadio: José María Morelos
Mote: Monarcas
Títulos
Títulos de Liga: Inverno 2000
Segunda División: 1980-1981
Plantel para el Clausura 2013.
Porteros: 3 Federico Vilar, 1 Carlos Felipe Rodríguez, 12 Higinio Bucio.
Defensas: 2 Enrique Pérez, 4 Uriel Álvarez, 6 Joel Huiqui, 19 José Antonio Olvera, 14 Luis Fernando Silva.
Medios: 8 Aldo Leao Ramírez, 15 Fernando Morales, 26 Christian Valdez, 28 Carlos Adrián Morales, 22 Francisco Torres, 17 Hibert Ruiz, 20 José María Cárdenas, 23 Daniel Silva, 29 Rodrigo Salinas.
Delanteros: 9 Héctor Mancilla, 11 Carlos Ochoa, 27 Michel Pedroza, 18 Edson Juárez, 7 Jefferson Montero, 10 Joao Rojas, 21 Sergio Santana.