Debutó en el máximo circuito hasta los 23 años de edad en un Clásico Nacional ante las Águilas del América un 13 de marzo del 2005, estuvo cerca de cambiar de aires cuando jugaba en el Tapatío y aún no debutaba en Primera División, su posición en aquel entonces era medio de contención, pero a la salida de Carlos Salcido al extranjero, Jonny Magallón fue utilizado como defensa central y se consolidó a grado de ser convocado a la Selección Nacional por Hugo Sánchez y en un año de su era, el nativo de Ocotlán es el que ha jugado más minutos bajo el mando de Hugo Sánchez en el Tri.
De los 23 partidos que ha dirigido Hugo a la Selección desde el 7 de febrero del 2007, Magallón Oliva solamente ha faltado a uno, convirtiéndose en el titular indiscutible en la zaga del equipo mexicano.
Su primer partido con la Selección fue el miércoles 28 de febrero en San Diego California ante su similar de Venezuela, en aquella ocasión México derrotó 3 - 1 a los de la vino tinto.
Fue titular durante toda la Copa de Oro en donde México perdió la Final ante Estados Unidos dos goles a uno en Chicago el domingo 24 de junio del 2007.
Estuvo presente en el cotejo que México doblegó 2 - 0 a Brasil dentro de la Copa América la cual se llevó a cabo en Venezuela y en donde nuevamente fue titular en todos los partidos del Tri. En esa competencia México obtuvo el tercer lugar al vencer a Uruguay 3 -1 en el partido por el tercer puesto.
Jonny ha estado presente en los encuentros de preparación rumbo al preolímpico de Beijing 2008 y ha compartido la zaga con su paisano Carlos Salcido, con quien guarda una gran amistad.
Era Hugo Sánchez (Desde el 7 de febrero del 2007)
Jugador__________________Minutos
- Jonny Magallón____________1,929
- Andrés Guardado___________1,457
- Gerardo Torrado____________1,455
- Guillermo Ochoa____________1,117
- Carlos Salcido_______________995
- Oswaldo Sánchez____________930
- Fernando Arce_______________914
- Nery Castillo_________________891
- Alberto Medina_______________827
- Ricardo Osorio_______________818
- Rafael Márquez______________810
- Omar Bravo_________________756
- Ramón Morales______________706
- Javier Rodríguez_____________642
- Jaime Correa________________590