Fue en el año 1949, cuando surgió la idea de formar en todo el país la Segunda División, que sería de ascenso. Querétaro fue de los elegidos, Alfonso "Pachín" Niembro, presidente de la Asociación Queretana de Fútbol recibió la invitación. El Club Querétaro A.C., fue de los fundadores de la Segunda División junto con el Irapuato, Zacatepec, Toluca, Morelia y La Piedad. La Fundación del Querétaro se dio el 8 de julio de 1950. Más tarde el equipo recibiría el mote de los "Gallos Blancos" a propuesta del Lic. Herrera Pozas "El Periquín".
El cuadro de Atletas Campesinos de la Segunda División, un equipo donde se combinaba experiencia y juventud, se dispusieron a lograr el ascenso. Llegó el día 22 de Junio de 1980, a los Campesinos les tocó enfrentarse en el partido de vuelta a los Osos Grises, que habían sacado un gran empate como visitante, y eran los favoritos para obtener el título, pero los Campesinos dieron la sorpresa, lograban imponerse por 2 a 1, con goles de Carlos Cerritos y Jorge Gaspar.
Los Atletas Campesinos estaban ya en el máximo circuito, con la idea de que con los mejores hombres de la división de ascenso, se lograría hacer una buena campaña, el equipo comenzó a perder y el cuadro fue vendido al Sindicato de Petroleros de Ciudad Madero. Fue asi como en la Temporada 82-83 Querétaro se quedaba sin futbol del máximo circuito; los Campesinos se convertían en el Tampico-Madero.
El Querétaro, equipo que vistió de azul y negro, llegó de la mano de José Antonio García, quien compró la franquicia del Tampico Madero y la puso en el Corregidora para la temporada 90-91. Fue vendido en diciembre de 1991 a los hermanos Vázquez Mellado, con quienes el club descendió en la Temporada 93-94.
El TM Gallos Blancos llegó a Querétaro, cuando este equipo inició la campaña 1994-95 en Tampico, pero por problemas con el Estadio Tamaulipas, cambiaron de sede. El "adoptado" cuadro queretano acabó descendiendo cinco fechas antes de que terminara la campaña 94-95, luego de tener en la dirección técnica a José Camacho y Juan de Dios Castillo.
En el año 2002 llegó a la ciudad de Querétaro unos nuevos Gallos Blancos, luego de adquirir la franquicia de los reboceros de La Piedad. El equipo jugó en el estadio Corregidora de Querétaro por 2 años. La Federación Mexicana de Fútbol llegó a la decisión de reducir el número de equipos en la Primera División en el año 2004 desapareciendo la franquicia queretana sin razón alguna.
Ante la desaparición de la franquicia de Primera División, Querétaro compra una franquicia de Primera División A, la del Zacatepec. En el año 2005 los Gallos Blancos de Querétaro ganan el torneo Clausura de la Primera A, y juegan la final del ascenso contra San Luis, Querétaro cae por marcador global de 3-2 y se queda a la orilla de volver al Máximo Circuito del fútbol nacional.
En el año 2006, Querétaro tuvo su revancha, fue campeón del torneo Clausura de la Primera División A y volvieron a jugar la final de ascenso, pero en esta ocasión el resultado fue diferente, Querétaro goleó a Puebla con marcador global de 5-1 y volvió a la Primera División. En el torneo Clausura 2007, Querétaro perdió la categoría tras perder el último partido de la liga contra Atlas, aunado a la victoria de Santos Laguna, su más próximo rival en el descenso con Cruz Azul. El Apertura 2008, se coronó Campeón al vencer al Irapuato en la final por dos goles por cero.
Para el Torneo de Clausura 2009, Mérida fue Campeón, por lo que tuvo que medirse con los Gallos en la Final por el Ascenso. El Querétaro logró el ascenso en penales. En la ida, efectuada en Querétaro, los Gallos vencieron 2-1. En Mérida, los Venados empataron el global. Los tiempos extras se fueron sin gol y en penales, los Gallos lograron volver al máximo circuito.
Presidente: Ulises Zurita Reyes
Nombre Popular: Querétaro
Calle: AV. de las Torres S/N Interior Estadio "La Corregidora"
Director Técnico: Héctor Medrano
Estadio: LA CORREGIDORA
Palmarés
Primera División A: Clausura 2005, Clausura 2006, Apertura 2008 (Campeón de ascenso en 2005-06 y 2008-09)
Subcampeón de la Primera División A: 1976/1977, 1986/1987
Plantel para el Apertura 2009
Porteros: Carlos Gustavo Bossio, Jorge Alberto Díaz, José Guadalupe Martínez, Sergio Rodríguez.
Defensas: Adrián Marcelo Romero, Joaquín Beltrán, Raúl Rico, Luis Daniel Cano, Omar Jair Maldonado, Juan Ignacio González, Margarito González, Alfredo Omar Tena, Orlando Pineda.
Medios: Héctor Castro, Marco Antonio Jiménez, Emilio López, Carlos Pinto, Esteban Alberto González, Víctor Manuel Estrada, Ricardo Álcala, Diego Ochoa, José Jorge Ibarra, Edgar Landa, José Piña, Antonio Barbosa, Fabián Mares.
Delanteros: Isaac Romo, Mauro Néstor Gerk, Mauro Vila, Diego Chaves, Víctor Villa, Álvaro Estrada.
