Atlante nació en los años 1916-1917 en los llanos de la colonia Condesa en la capital del país, capitaneados por "El vaquero" Refugio Martínez. El equipo adoptó el nombre de "Sinaloa". A mediados de 1917 el equipo cambia de nombre, "Sinaloa" desparece y surge "Lusitania", en recuerdo del barco de vapor hundido por los alemanes al inicio de la Primera Guerra Mundial. El éxito que esperaban no les llegó bajo el nombre de "Lusitania". A principios de 1920, el fundador Refugio Martínez "El Vaquero", propone el nombre de "Atlante", explicando que lo ha deducido de Atlántico, el océano que fuera escenarios de grandes acontecimientos bélicos, el nombre fue aceptado.
Con la conducción de Alfredo Pérez Medina, es aceptado en 1927 en la recién constituida Federación Mexicana. Al ser admitido en la Federación con derecho a participar en el Campeonato 1927-1928, el Atlante se integra con la mayor parte de los elementos que venían figurando en sus filas y sería en esa temporada que cambia sus grandes cuadros rojos y azules por la camiseta de rayas verticales azulgrana, que con el tiempo habría de convertirse en el uniforme más popular.
A partir de 1936 surge la denominada Nueva Época del Atlante; sin embargo existía una difícil situación económica y diferencias entre los organismos rectores del futbol en nuestro país, circunstancias que propician que el entonces General José Manuel Núñez asuma la dirección del Atlante, apoyado por el Ing. Guillermo Aguilar Álvarez.
Fue en el México de la década de los 40, cuando en el Atlante surge todo un fenómeno, un verdadero ídolo: Horacio Casarín. Sería 1940-1941 una temporada gloriosa al conquistar por segunda ocasión el título de campeón de liga, ya que su primer título lo había obtenido en 1931-1932. En 1946, el título se da dentro de la época profesional.
Para la temporada 1992-93 el Atlante se corona campeón de Liga. En esta temporada acumuló 41 puntos. En la liguilla por el título venció al Necaxa, en las semifinales dejó fuera al campeón defensor León. El rival en la final fue el Monterrey.
Tras años de idas y vueltas, incluso un descenso disfrazado de promoción donde los Potros salvaron la categoría. Atlante abandonó el DF para el Apertura 2007, siendo su nueva casa el paradisíaco Cancún, y su timonel José Guadalupe Cruz. El 9 de diciembre de 2007 el Atlante consiguió su quinto título de liga (tercero en la época profesional).
En el Clausura 2008 tuvo una temporada muy mala. El Atlante disputó la Superliga 2008 en donde inicio perdiendo 4-0 con el Houston de Dynamo, pero en el siguiente juego derrotó al D.C. United 3-2. Para el tercer juego se enfrentó a las Chivas del Guadalajara donde el Atlante salió con la victoria 2 goles a 0.
Para el Apertura 2008 el equipo se reforzó con el delantero Luis Gabriel Rey. El joven Gerardo Venegas y Gerardo Espinoza fueron la base de la defensa azulgrana para el Apertura 2009. Fue un torneo en el que se consigue nuevamente levantar al equipo y llevarlo hasta la instancia de semifinales, donde pierde ante Cruz Azul por marcador global de 4-2.
En la Liga de Campeones de la Concacaf 2009, el Atlante se alzó como campeón del área, se alzó con el título ante el Cruz Azul al cual venció con un dos a cero marcador global, lo que le dio el derecho de disputar el Mundial de Clubes que se celebrará en Dubai en diciembre del 2009. Antes de comenzar el torneo de Clausura 2009 Javier Muñoz Mustafá, pasa a ser parte del Pachuca en un intercambio por el delantero Rafael Márquez Lugo y la contratación más importante para los azulgrana es la llegada del argentino Santiago Solari.
Nombre oficial: Club de Futbol Atlante Potros de Hierro de Quintana Roo SA. de CV.
Fecha de Fundación: 18 de Abril de 1916
Presidente ejecutivo: José Antonio García Rodríguez
Dirección: Roble Manzana 4 Lote 6, Col. Super Manzana 43, Cancún, Q. Roo.
Director Técnico: José Guadalupe Cruz
Estadio: Andrés Quintana Roo
Capacidad : 20 mil aficionados
Primera División: 1946-47, 1992-93, Apertura 2007
Copa México: 1941-42, 1950-51, 1951-52
Campeón de Campeones: 1941-42, 1951-52
Segunda División: 1976-77, 1990-91
Copa de Campeones de la CONCACAF: 1983.
Liga de Campeones de la CONCACAF: 2008-09.
Plantel para el Apertura 2009.
Porteros: Gerardo Daniel Ruiz, Federico Vilar, Alan Van Rankin, Román Fuente.
Defensas: Miguel Ángel Martínez, Gerardo Venegas, Diego Alberto Cervantes, Diego Ramírez, Gerardo Castillo, Clemente Ovalle, José Daniel García, Mario Hernández, Diego García, David Velásquez.
Medios: Gerardo Espinoza, Fernando Navarro, Gabriel Pereyra, Bernardo Domínguez, Christian Bermúdez, Luis Ángel Carrillo, Andrés Carevic, José Joel González, Daniel Guerrero, Santiago Solari, Saúl García, Arturo Muñoz.
Delanteros: Rafael Márquez, Giancarlo Maldonado, Luis Gabriel Rey, José Omar Cervantes, Daniel Arreola, Jesús Morales, Guillermo Rojas.