Semifinales en el Clausura 2006; Semifinales en la Copa Toyota Libertadores 2006; Campeón en el Apertura 2006; Subcampeón en la Copa Campeones de la Concacaf y Semifinalista en el Clausura 2007.
En su debut derrotó al Cruz Azul por la mínima diferencia en el Jalisco el 18 de marzo del 2006, en ese torneo alcanzó las semifinales y se quedó a segundos de avanzar a la final, "Chepo" no contó con los seleccionados mundialistas en Alemania 2006 en esa Liguilla.
En la Copa Toyota Libertadores de América del 2006, se quedó en la antesala de la final ante el Sao Paulo de Brasil, equipo al que derrotó en la fase de grupos en el Jalisco y en el Morumbí.
La gloria llegó en el Apertura 2006, eliminó en el Repechaje al Veracruz, en Cuartos de Final al Cruz Azul, en Semifinales al América y venció en la Final al Toluca en el Nemesio Diez dos goles a uno. Chivas consiguió su décima primera estrella bajo las órdenes del "Chepo" de la Torre.
En la Copa de Campeones de la Concacaf llegó a la Final ante los Tuzos del Pachuca y un penal fue la diferencia entre quedar Campeón y Subcampeón.
Dentro del Clausura 2007, Chivas fue de los equipos que cautivo a la afición por su manera de jugar durante la fase regular, pero en la fase final se quedó a la ronda de semifinales contra el América.
De los cinco torneos que ha disputado José Manuel de la Torre, en los cinco ha alcanzado mínimo la Semifinal, con lo que cuenta con una productividad envidiables por cualquier estratega en el mundo y más aún tomando en cuenta, el poco tiempo que tiene dirigiendo al Rebaño Sagrado.
